1973년 총신대 신학연구원(현 총신대 신학대학원)에서 총회산하 목회자들의 질적 자질향상을 위하여 목사 연장 교육기관으로 목회자 하기 대학원을 개원하여 운영하였으나, 총신대 신학연구원 자체로는 계속교육의 실효가 적음을 감지하여 1976년 제61회 총회의 결의에 따라 1977년 여름학기부터 계절학기로 목회자 재교육기관인 총회목회대학원을 개설하여 28년에 걸쳐 운영하고 있으며 11대 원장으로 이충선목사 취임감사예배를 67겨울학기 개강예배와 함께 1월10일 드렸다